O funcionamento e gestão do Fundo Azul são assegurados pelo:
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Conselho de Gestão, é constituído pelo Diretor Geral de Política do Mar, que preside, e dois vogais designados pela Ministra do Mar, competindo-lhe a práticas de atos de administração e gestão do fundo.
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Conselho Consultivo, é constituído por todas as entidades que financiam o Fundo e, por entidades públicas e privadas que atuem, de forma relevante, nas áreas de atuação do Fundo, e é a estrutura de consulta do Fundo Azul.
O controlo da legalidade e da regularidade da gestão do Fundo Azul são assegurados por um fiscal único, nomeado por despacho do Ministro das Finanças e da Ministra do Mar.
O apoio técnico e administrativo ao Fundo Azul é prestado por trabalhadores em regime de cedência de interesse público, e o apoio logístico é prestado pela DGPM.
Condução Estratégica
A condução estratégica do Fundo Azul incumbe aos membros do Governo responsáveis pelas áreas das Finanças e do Mar, e concretiza-se através de orientações, gerais ou específicas, em qualquer domínio de intervenção do Fundo, sendo estas orientações vinculativas da atuação no quadro do respetivo Regulamento de Gestão do Fundo.
Instrumentos de Gestão
O plano anual de atividades é o instrumento de planeamento de afetação dos recursos do Fundo, que é elaborado pelo Conselho de Gestão, em articulação com o Conselho Consultivo, e remetido para aprovação pelos membros do Governo responsáveis pelas áreas das Finanças e do Mar.
O plano anual de atividades, após aprovação, é divulgado neste site, nos termos do n.º 2 do artigo 12.º do Regulamento de Gestão do Fundo Azul, aprovado pela Portaria n.º 344/2016, de 30 de dezembro.